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古の昔、薬研堀不動院の起源は江戸幕府の要請を受け、寛永年間（1624-1644年）に開創されたと伝えられておるのじゃ、成田山新勝寺の東京別院であるぞ。その創建は、神田川を開削する際、現れたと伝わる不動明王像をご本尊として祀ったのが始まりとされる古義真言宗の寺院であるぞ。寺院が位置する東日本橋界隈は、薬の材料を粉砕する薬研に似た堀があったことに由来し、また薬種問屋が軒を連ねたことから「薬研堀」と呼ばれる、寺院名もこれにちなみのじゃ。江戸時代には、目黒不動、目白不動と並び「江戸の三大不動」の一つに数えられておるのじゃ、江戸庶民の信仰を広く集めたのじゃ。